PAÜ’nün çalışması GISAID veri tabanında

Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı tarafından korona virüs üzerine Denizli’deki hastaları kapsayan ilk bilimsel araştırması, dünya genelinde virüs genom dizilerinin paylaşıldığı GISAID veri tabanında yer aldı. Ayrıca PAÜ’nün çalışması, JIDC Dergisi’nde bilimsel yayın olarak kabul gördü.

PAÜ’nün çalışması GISAID veri tabanında

Pamukkale Üniversitesi (PAÜ) Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı başarılı bir çalışmaya imza attı. PAÜ Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı tarafından korona virüs sekanslaması üzerine Denizli’deki hastaları kapsayan ilk bilimsel araştırma makalesi, GISAID veri tabanında yer aldı. Çalışma ayrıca; JIDC Dergisi’nde bilimsel yayın olarak kabul gördü. Konuya ilişkin açıklama yapan PAÜ Hastanesi Öğretim Üyesi Onur Tokgün; “SARS-CoV-2 virüsünün bulaşma modellerini ve moleküler evrimini anlamak, hastalıkların önlenmesi için etkili ilaçlar ve aşılar üretmek için çok önemlidir. Bu nedenle, korona virüslerin genomik dizilerinin analizleri, ilaç/aşı tasarımı için temel araçları oluşturmaktadır. Dünya genelinde virüs genom dizilerinin paylaşıldığı GISAID veri tabanında 1 milyar 448 bin 566 korona virüs tam genom dizisi bulunmaktadır. GISAID veri tabanından dünyanın her bölgesinden fazlasıyla korona virüs genomu bulunmasına rağmen Denizli’den örnek bulunmamaktaydı. Üniversitemiz Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından Hızlı Destek projesi olarak desteklenmiş bu projemizde Denizli’den 15 Türk hasta örneğinden izole edilmiş Kovid genomu tam genom dizilerini ortaya çıkarmak için yeni nesil sekanslama (NGS) analizi gerçekleştirildi. Başarı ile tamamladığımız çalışmamız The Journal of Infection in Developing Countries (JIDC) Dergisi’nde bilimsel yayın olarak kabul gördü. Çalışmamızda genetik benzerliklerini belirlemek için, Türkiye'deki SARS-CoV-2 genomlarının tamamı ve GISAID'den seçilen dünya çapındaki izolatlar dikkate alınarak filogenetik analizler yapılmıştır. Ayrıca, SARS-CoV-2 genomlarındaki mutasyonları göstermek için varyasyon analizleri de gerçekleştirilmiştir. Tüm deneysel ve biyoinformatik analizlerin tarafımızdan Tıbbi Genetik Anabilim Dalımızda gerçekleştirilen bu çalışmamızda veri tabanlarında yüzde 0,01-0,03 sıklıklarında gözlenen nadir mutasyonlar saptanmıştır” diye konuştu. Dr. Tokgün gerçekleştirdikleri çalışmanın gerek ilaç ve aşı tasarımı gerekse hastalığın seyrinin bölgesel farklılıklarının yorumlanmasında katkı sağlayacağını düşünmekte olduklarını da söyledi.

Güncelleme Tarihi: 19 Mayıs 2021, 09:30
YORUM EKLE
SIRADAKİ HABER